В околицях селища є кургани, типові для епохи бронзи (І тисячоліття до н. е.).
Виникла 1833 року на місці колишнього ногайського аулу Азберду — «нечисленна берда». Заснували її семеро селян мордвинів духоборів — сектантів-іконоборців із Спаського повіту Тамбовської губернії. В наступні двадцять років сюди також переселились державні селяни із Борисоглібського повіту Тамбовської області та Фатезького повіту Курської губернії. У 1855 році оселилися переселенці зі Спаського повіту Тамбовської губернії. Назву свою Якимівка отримала на честь поліцейського ісправника Якима Колосова, під керівництвом якого відбувся початок заселення даної місцевості.
У 1863 році Якимівка стає волосним центром.
Станом на 1886 рік в селі, центрі Якимівської волості Мелітопольського повіту Таврійської губернії, мешкало 2223 особи, налічувалось 297 дворів, існували православна церква, єврейський молитовний будинок, школа, 9 лавок, 2 винних склади, 2 постоялих двори, відбувалось 2 ярмарки на рік: 2 лютого та 8 жовтня. За 3 версти — лавка, постоялий двір, залізнична станція Якимівка.
З розвитком ринкових відносин наприкінці XIX століття Якимівка стає одним із найбільших пунктів торгівлі зерном. На початок ХХ сторіччя вантажообіг залізничної станції Якимівка досяг півмільйона пудів на рік.
Радянську владу вперше встановлено в листопаді 1917 року.
Під час організованого радянською владою Голодомору 1932—1933 років померло щонайменше 116 жителів селища.
З 1957 року Якимівка набула статус селища міського типу.
4 жовтня 1941 року радянські війська полишили Якимівку. З 1 вересня 1942 року селище було центром Якимівської округи. 2 жовтня 1943 року в часі нацистсько-радянської війни зайнята військами Червоної армії.
17 липня 2020 року, в результаті адміністративно-територіальної реформи і ліквідації Якимівського району селище міського типу увійшло до складу Мелітопольського району.
